Uncaught Error: Error calling method on NPObject.

Cordovaのプラグイン開発をしていたら、

Uncaught Error: Error calling method on NPObject. at file://...

というエラーが発生

このエラーで検索してみると、Flashの話がよく引っかかるが、Androidの実装なのでちょっと違う。
WebViewまわりの処理をしていると出るようだ。

ちゃんと、スレッドで処理すれば解決

class MyTask implements Runnable {
  public void run() {
    //　やりたい処理
  }
}

MyTask task = new MyTask();
activity.runOnUiThread(task);

こっちのが良いかも。

cordova.getThreadPool().execute(new Runnable() {
  public void run() {
    //  やりたい処理
  }  
});